Stiftelsens styrelse utses enligt den överenskommelse som träffades av parterna i samband med fastställandet av stadgarna, av Stockholms kommunfullmäktige, SEKO Sjöfolk, Sveriges Fartygsbefälsförening, Sjöbefälsförbundet och Stiftelsen Stockholms Sjömanshem.
Ordinarie ledamöter		Personliga suppleanter
Utsedda av Stockholms stad
Bengt Sandberg Yvonne Fernell-Ingelström		Anders Engström Hans Larsson
Utsedda av SEKO Sjöfolk
Kenny Reinhold		Peter Skoglund
Utsedda av Sveriges Fartygsbefälsförening
Marie Halvdanson		Christer Lindvall
Utsedda av Sjöbefälsförbundet
Christer Themnér		Mikael Huss
Utsedda av Stiftelsen Stockholms Sjömanshem
Hans Laidwa Thore Hansson Per Högberg		Sven-Gösta Holst Veine Samuelsson Niklas Loden
Ordförande
Ordförande, som utses av styrelsen inom sig, är Christer Themnér från Sjöbefälsföreningen. Vice ordförande är Hans Laidwa från Stiftelsens Sjömanshem.
Revisorer
Av kommunfullmäktige utsedda revisorer är Barbro Ernemo med Ulla-Britt Ling-Vannerus som ersättare. Auktoriserad revisor är Jenny Holmberg, Ernst & Young.
Förvaltningsarbetet
För det löpande förvaltningsarbetet svarar en verkställande sekreterare, Annika Lindahl, med ansvar för det övergripande arbetet och ledningen av arbetet inom stiftelsen. Särskild expertis- och biträdespersonal anlitas efter behov.
Sociala åtaganden
En viktig del i Stiftelsens verksamhet är Katarina Sjöfartsklubb, inom ramen för vilken stiftelsen lever upp till sina sociala åtaganden enligt stadgarna. En föreståndare, Kicki Falke, och en biträdande föreståndare, Carina Kannberg, har ansvaret för stiftelsens klubbverksamhet.
Hotellverksamhet
Stiftelsens uppgift att bedriva hotellverksamhet i allmänhet, med särskilda rabatter för sjöfolk. Det uppfylls genom Sjöfartshotellet där Scandic Hotels svarar för den operationella driften men där Stiftelsen fortlöpande har tillgång till rum enligt särskilda bestämmelser.